北京知识产权司法保护研究会现设有秘书处、会员部、研究部、对外交流部等内设机构。各内设机构职责如下：

 

秘书处职责：负责文电处理，机要保密，情况综合，会议组织；协助会领导协调部门；负责综合性的文件、计划总结及重要文电的起草；了解、掌握研究会的综合性信息；负责机构内部有关规章制度建设和档案工作；负责对研究会各项工作的宣传报道；协助会领导负责研究会所属媒体管理相关工作；负责内部刊物编辑、出版工作以及图书资料、电子音像资料的管理工作。

 

会员部职责：负责会员的发展、服务和管理工作；组织开展各种具有特色的会员活动，维护会员合法权益；负责研究会先进集体、先进个人的评选表彰工作；参与本会会员代表大会、理事会、常务理事会的筹备工作；会领导交办的其他工作。

研究部职责：负责制定知识产权司法保护研究课题选题计划和规划并组织实施；组织协调学术研讨活动；组织推动知识产权司法保护研究成果的转化应用；组织对知识产权司法保护等实践活动中的重大问题开展课题调查研究并提出建议和对策；参与知识产权司法保护宣传和培训工作等。

 

对外交流部职责：根据党和政府的有关政策，负责起草、制定和实施有关研究会对外交往的方针政策和规章制度；代表研究会与国际的、区域的及香港、澳门特别行政区、台湾地区的知识产权司法保护组织、学术研究团体、政府机构、相关法律院所和知识产权界人士建立联系，开展交流与合作；负责与党政部门、政法系统及其他人民团体所属的外事机构的联系、协调和合作；开展对外宣传工作；负责调研国外知识产权司法保护组织的有关政策和发展纲要，向有关方面提供国外知识产权司法保护建设及有益经验，提出相关政策建议；负责研究会外事干部和涉外工作人员的业务培训及考核工作。